Мухамеджан Нургалиев в начале войны в Алма-Ате, как военком, занимался формированием частей на фронт, в том числе 316-й стрелковой дивизии. Был на комиссарских должностях в 15-й стрелковой дивизии и 7-го кавалерийского корпуса генерала Погребова. Какой-то период был редактором газеты «На разгром врага» Брянского фронта. Потом после окончания курсов «Выстрел» командовал 139-м полком 41-й дивизии и 190-м полком 50-й Орловской дивизии. Потом снова курсы «Выстрел» на замов командиров дивизий. После окончания был отправлен в Казахстан, где и встретил окончание войны.

В в 1945 году был направлен в Китай для оказания помощи в создании новой республики (сегодняшний СУАР КНР), но проект не был осуществлен из-за разногласий лидеров СССР и Китая.